La Commission Nationale de l’Enseignement Supérieur (CNES) a été mise en place par le Décret n°100/12 du 10 janvier 2008 portant Création, Organisation et Fonctionnement de la Commission Nationale de l’Enseignement Supérieur au Burundi, et son fonctionnement a été rendu possible grâce au Décret n°100/5 du 5 janvier 2011 portant nomination de ses membres. En 2014, Elle a été réorganisée par le  Décret no100/258 du 14 novembre portant Réorganisation et Fonctionnement de la Commission Nationale de l'Enseignement Supérieur au Burundi.